โรคไฟโบรมัยอัลเจียเป็นผลมาจากปัญหาภูมิต้านตนเอง

โรคไฟโบรมัยอัลเจียเป็นโรคของระบบภูมิคุ้มกันมากกว่าที่จะมองว่าโรคไฟโบรมัยอัลเจียมีที่มาจากสมองในปัจจุบัน ความไวต่อความเจ็บปวดที่เพิ่มขึ้น ความอ่อนแอของกล้ามเนื้อ การเคลื่อนไหวที่ลดลง และจำนวนเส้นใยประสาทขนาดเล็กในผิวหนังที่ลดลงซึ่งเป็นเรื่องปกติของ FMS ล้วนเป็นผลมาจากแอนติบอดีของผู้ป่วย ไฟโบรมัยอัลเจียเป็นโรคภูมิต้านตนเองจะเปลี่ยนวิธี

นักวิจัยได้ฉีดแอนติบอดี้จากผู้ที่อาศัยอยู่กับ FMS และสังเกตว่าหนูเหล่านี้พัฒนาความไวต่อแรงกดและความหนาวเย็นอย่างรวดเร็ว รวมทั้งแสดงความแข็งแรงของด้ามจับในการเคลื่อนไหวที่ลดลง ในทางตรงกันข้าม หนูที่ฉีดแอนติบอดี้จากคนที่มีสุขภาพดีจะไม่ได้รับผลกระทบ ซึ่งแสดงให้เห็นว่าแอนติบอดีของผู้ป่วยเป็นสาเหตุของโรค หรืออย่างน้อยก็เป็นสาเหตุสำคัญของโรคนี้ นอกจากนี้ หนูที่ฉีดแอนติบอดีไฟโบรมัยอัลเจียจะฟื้นตัวหลังจากผ่านไปสองสามสัปดาห์ เมื่อแอนติบอดีถูกล้างออกจากระบบของพวกมัน การค้นพบนี้แนะนำอย่างยิ่งว่าการรักษาที่ลดระดับแอนติบอดีในผู้ป่วยมักจะเป็นการรักษาที่มีประสิทธิภาพ การรักษาดังกล่าวมีอยู่แล้วและใช้ในการรักษาโรคอื่นๆ ที่เกิดจาก autoantibodies